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冷冻电镜图像处理软件包有了新进展——西班牙国家生物技术中心终身教授Jose Maria Salvad
【来源/作者】奥科官网 【更新日期】2015-09-06

2015年8月26日至31日,西班牙国家生物技术中心教授Carazo Garcia博士受孙飞研究员邀请,访问生物物理所生物成像中心,并在生物物理所开展了一系列的学术活动。

27日上午,Carazo Garcia博士在生物理所图书馆报告厅做题为“CryoElectron Microscopy: towards higher resolution in cell biology”的生物大分子国家重点实验室学术报告。

27日下午,Carazo Garcia博士在冷冻电镜图像处理小型研讨会(A mini-symposium on cryoEM image processing)上,分别做了题为“Initial Volume Problem in cryo EM: Problem Statement and I2PC new results”和“Structural BioIformatics Domain-Domain Interaction Predictions: How can they help in medium resolution model building”的精彩学术报告。该小型研讨会由孙飞研究员主持,湖南师范大学刘红荣教授,中国科学院生物物理研究所张艳博士、博士研究生邓雨辰同学,中国科学院计算技术研究所张法博士、万晓华博士也做了简短的报告,并参加了学术交流讨论。

28日,Carazo Garcia博士作为主讲教授,出席了在生物物理所多媒体教室召开的冷冻电镜图像处理的专题workshop(Mini-workshop of cryoEM image processing)。

Carazo Garcia博士在冷冻电镜领域做出了巨大贡献,是该领域的领军人物。他所领导的实验室于2007-2011年期间开发了极大似然算法,应用于冷冻电镜三维重构,该方法已成为目前冷冻电镜三维重构的主流方法之一;从1996年开始,该研究团队开发目前普遍使用的电镜数据库EMDataBank;并在神经网络的SOM领域开发新的数学方法。其开发的所有软件集成在XMIPP软件包中,下载量在业内已经超过2000人次,在电镜三维重构领域广泛应用。同时,Carazo Garcia博士还在西班牙的ALBA线站基础上建立了新的软X-ray线站和其领导的生物计算部门被选为欧洲战略研究设施的一部分。

此次来访,Carazo Garcia博士为我们总结和展望了冷冻生物电镜在近些年的快速发展和美好前景。他指出,电子显微镜的发展主要靠硬件和软件的双重提高,我们所处的时代,直接电子探测相机的广泛应用使得硬件不再是成像质量的瓶颈。这就让软件的配合发展变得极其重要。在28日的workshop中,Carazo Garcia博士着重介绍了其所在的团队最新开发的Scipion软件包。Scipion融合了生物电镜领域的最新软件发展,整合了包括EMAN,Relion,Spider,XMIPP在内的诸多现有的软件包。Scipion的出现,极大的简化了电子显微镜工作者数据处理的流程,使得在不同的软件包间“各取所长”变得非常简单。Carazo Garcia博士在Scipion之后又介绍了其团队开发的EMX数据格式,这种数据格式使得原先复杂繁琐的数据文件转换工作变得简单清晰,现已经成为EM领域公认的新学科标准。最后,CarazoGarcia博士远程连线了其在西班牙生物技术中心的同事,为我们解答了关于XMIPP软件底层命令行控制的一些问题。大家在这几天的学术活动中踊跃积极,会场气氛热烈,与会人员收获颇丰。

摘自:仪器信息网



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