脉冲强光具有非常宽的光谱，主要起作用的是紫外光，对于细菌、真菌、孢子、病毒等都具有较好的杀灭效果。脉冲强光的抗菌作用机理主要是光化学效应和光热效应共同发挥作用，导致DNA损伤、细胞膜和细胞壁破裂等，从而达到抗菌效果。

在连续流动的脉冲强光系统对果汁灭菌作用的研究中，发现细胞损伤，尤其是细胞膜损伤是PL杀灭细菌的一个重要机制。Cheigh等通过观察食源性病原体单核细胞增生李斯特菌（Liste-riamonocytogenes）、大肠杆菌（Escherichiacoli）O157：H7在PL处理后的透射电镜图发现，细菌的细胞结构被严重破坏，细胞壁、细胞质膜及内部组织均被破坏。Ferrario等研究了PL对苹果汁中酿酒酵母的杀灭作用机制。流式细胞术和透射电子显微镜观察结果表明，酿酒酵母细胞的活力丧失不仅是由于细胞壁和细胞质膜的损伤，而且导致胞内细胞器紊乱。除了细菌和真菌，PL对病毒也具有较好的杀灭效果。Vimont等用小鼠诺如病毒（MNV-1）代替人类诺如病毒，通过对小鼠诺如病毒形态观察、病毒蛋白和RNA完整性的分析，发现PL处理能够破坏小鼠诺如病毒结构，引起病毒蛋白和RNA降解。

不同微生物对脉冲强光的敏感性不同，而不同的食品基质也会影响脉冲强光的杀菌效果。总体来说，不同微生物对PL抵抗力顺序为：真菌孢子＞细菌芽孢＞寄生生物＞病毒≥植物性细菌。研究发现，革兰氏阴性菌对于PL的敏感性高于革兰氏阳性菌。PL对真菌（霉菌、酵母）的影响非常显著。张佰清等运用光流量为0～37.302mJ/cm2PL处理黑曲霉、灰霉、啤酒酵母和热带假丝酵母。结果表明，杀菌效率与光流量成正比，且在最大光流量时，霉菌致死率达到99.04%，酵母菌致死率达到100%。

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