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2、单核苷酸多态性和小片段插入与缺失的分析
与参考基因组相比，Yarrowia lipolytica BBE-17共有43921个单核苷酸多态性（SNP）变化（图3），其中42577个是纯合SNP，1344个是杂合SNP，27515个是转换的SNP，16406个是颠换的SNP，有7871个是同义突变，3711个是非同义突变；位于基因间区的SNP突变有32339个，每1000bp序列平均有2.4个单核苷酸多态性变化。整个基因组有8078个小片段插与缺失变化（InDel），其中插入的片段是3924个，缺失的片段是4154个，有7740个是纯合变化，有338个是杂合变化。有4256个基因发生了单核苷酸多态性变化，但是没有基因发生小片段插入或缺失的变化。
3、基因组结构变异分析
基因组结构变异（SV）指基因组水平上大片段的插入，缺失、倒置、易位等序列。与参考基因组比对发现，有129个大片段的基因组结构变异（图4）。其中缺失片段106个，倒置片段2个，染色体内部迁移7个，染色体间的迁移14个，有44个发生在基因间区，64个结构变异发生在基因中。份BBE-17结构变异所涉及的基因有109个，全部为缺失型变化（表1）。
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