在食品中能分离出各种酵母菌，但它们很可能没有什么意义，因为其中多数来源于外界的偶然污染。仅有非常有限的几个酵母属可使经过加工并正常生产工艺包装的食品腐败。比如抗SO２熏蒸的酵母，就是饮料、葡萄酒变质的常见因素。耐受保鲜剂的毕赤酵母，高度嗜氧，可以形成泡菜和酱油的表面膜。

　　当然，如果不按照标准的生产程序进行食品生产，那么许多外界污染的酵母都将在食品中大量繁殖，这种情况下，就谈不上优势菌群问题了，也不必进行酵母的分类鉴定。处理方法只有一个，恢复正常的生产程序。

1 乳制品

鲜奶易因细菌污染而腐败，酵母菌不是重要问题。当鲜奶被加工成奶油、乳酪、酸奶等制品后，由于细菌被抑制，酵母可相应地成为优势菌。它们使奶油、乳酪产生怪味和气体，使黄油产生有味物质，并可使酸奶和酸乳酪腐败。在实验室中，汉逊德巴利酵母、布提利假丝酵母、多孢丝孢酵母和红酵母均能导致固体和液体乳酪的腐败。

2 肉类与肉制品

通常情况下，这类制品适于细菌的生长，酵母不是引起变质的主要原因。某些德巴利酵母可使冷冻的猪、牛肉香肠和午餐肉表面出现令人不愉快的粘滑感觉。

3 水果和蔬菜

两者的差别主要是pH值。水果通常为酸性，pH值在1.8～2.2左右（味浓的水果，柠檬等）到pH 4.5～5.0（西红柿等）之间，对细菌有抵抗力。而蔬菜的pH值接近中性，对细菌侵入敏感。通常引起水果腐败的原因是霉菌而非酵母，只有柠檬型克拉克酵母可侵入破损的草莓。

4 果酱、蜜饯、果汁和干果

这类食物的特点是水活度低。一些接合酵母能使加热不完全的果酱败坏。鲁接合酵母和拜尔接合酵母可引起包装好的巧克力变质。即使仅沾上几个细胞，最终也将生长而产生大量气体至将外包装胀破。拜尔接合酵母同样能使果汁变质，它能在水活度很低并含防腐剂的食品中生长。无花果由于种子腔开口易被酵母菌污染，有时嗜干酵母可导致无花果干的腐败。

5 葡萄酒

酒中9～22％的乙醇、3～3.6的pH值和防腐剂（一般是SO２和山梨酸）能抑制多种微生物生长。二孢接合酵母和酿酒酵母却能生长于18％的乙醇中，而路德酵母能抵抗SO２和山梨酸，它们使葡萄酒浑浊，生成沉淀和怪味物质。

6 啤酒

啤酒花（Hops）和2～6％的乙醇、CO２及低 pH值加上厌氧环境，营养成分有限，能在其中生长的微生物量受到限制。酵母属可使之浑浊并产生丁二醇、酚类等异味物质。

7 浸渍制品

蔬菜和水果在浸渍时由于未能隔绝空气造成膜生酵母及一些丁酸细菌生长而引起变质。正常情况下，这类食品中，酵母菌是优势菌群之一。

8 无酒精饮料

常因酵母属、毕赤酵母属和球拟酵母属等生长而腐败。充碳酸气的饮料少见霉菌性变质，有时可见酵母引起沉淀物产生。美国食品和管理局（FDA）要求此类食品每毫升酵母数少于50个，霉菌少于100个。

9 粮食

在干燥情况下，酵母并非优势菌。国内有报导红酵母属引起湿糯米粉制成的元宵变色，失去固有粘性，但毒理学检查未见异常。