霉菌分布广泛，但它与细菌主要的不同之一便是通过空气中的分生孢子传播。蔬菜是霉菌生长的良好基质，霉菌还是水果、浆果、谷物、面包等变质的主要原因。它还能在不适于微生物生长的皮革、衣物上生长。比如枝孢霉常存在于土壤和植物中，对植物无害，它也是空气中常见真菌，容易导致衣物出现小小的黑斑。

霉菌多为需氧菌，主要生长于和空气接触的物体表面。嗜冷霉菌可在－7～0℃生长，如镰刀菌、青霉、枝孢霉。耐热的丝衣霉常导致加工过的水果变质。许多霉菌特异性高，仅在特殊的环境下存活。例如镰刀菌在低温能生长，常导致冷库贮存的大蒜、大麦芽变质。青霉常在柑桔中常检出，它能够抵抗防腐剂，对于生产影响较大。

1 谷类

霉菌很容易成为优势菌。田野霉对收获后的谷物霉变没有多大意义。霉菌和酵母数量是食品加工卫生史的一种指标。霉菌数高的粮食保存期相当短。

2 水果和蔬菜

水果临近成熟时pH值升高，表皮变软，防御屏障薄弱，易为霉菌侵染。青霉是柑桔类水果变质的最常见原因，有时是白地霉或柑桔链孢霉。扩展青霉甚至可使冷藏的苹果和梨腐烂。变质时水果先变软，表面有淡褐色斑点并迅速扩展至全果。即使将变质的部分削去也不能除去扩散的展青霉素。所以，被扩展青霉侵染过的蔷薇科水果制成的果酱和果汁中，这种致癌致畸的毒素阳性检出率非常之高。在我国北方省份生产的苹果、山楂等水果的果酱和果汁中多次检出展青霉素。丛梗孢霉和黑根霉能使桃、杏等核果腐烂。蔬菜腐烂主要是由葡萄孢霉（豌豆、洋葱、西红柿等）、曲霉（洋葱等）、镰刀菌（洋葱、大蒜、马铃薯等）和交链孢霉（番茄、瓜叶类蔬菜）造成的。根霉可引起几乎所有的水果和蔬菜的霉烂。市售蔬菜的主要病害可由曲霉、青霉、枝孢霉等造成。

3 干燥食品

晒干的谷物常见有散囊菌。黄曲霉和寄生曲霉的检出有重大意义。大量青霉出现表明在干燥过程中可能有生长。水活度高的食品如面包、蛋糕，可因青霉及其他常见霉菌生长引起发霉。

4 果酱、蜜饯、果汁和干果

发霉果酱中常见散囊菌，时有嗜干青霉。金锈孢霉引起蜜饯变质，嗜旱二孢霉引起甘草腐败。经巴氏消毒后的果汁中虽有丝衣霉存在，但它们不能生长。杏、桃、梨和香蕉制干前二氧化硫的熏蒸抑制了多数微生物。未经处理的干果易因嗜干霉菌如散囊菌、嗜旱二孢霉等变质。果仁中霉菌毒素问题较多。