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是指保持微生物菌株的生活力和遗传性状的技术；基本原理是使微生物的生命活动处于半永久性的休眠状态，也就是使微生物的新陈代谢作用限制在最低范围内。
目的在于把从自然界分离到的野生型，或经人工选育得到的变异型纯种，使其存活、不丢失、不污染杂菌、不发生或少发生变异，保持菌种原有的各种特征和生理活性。
常用的方法有冻干保藏法、深低温保藏法、液氮保藏法、矿油封藏法、固体曲保藏法、砂土管保藏法、琼脂穿刺保藏法等。
日常工作中，先选择培养基，进行培养。然后放入4-6℃冰箱进行短时间的菌种保藏；病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法与冷冻干燥保藏法进行保藏，冷冻保藏法可分低温冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速冻结（约-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法，其中最常见的是甘油管冷冻保藏法。
将各待保存的菌种纯化后用接种环直接从平板上刮取，置于盛有0.5ml甘油原液的菌种瓶中，低温保存箱-20℃保存，可连续52个月存活良好。此法尤其适合乙链、破伤风杆菌、产气荚膜梭菌、白色念珠菌等需特殊方法保存的菌种，是一种简便实用的有效保存方法。
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