1传代保藏

传代保藏菌种是微生物保存中最常用的方法之一。很多微生物在低温或者干燥处理时，会很快死亡，为了保存菌种的活性，就要定期不断的进行菌种转接、培养后再保存。我们所喝的酸奶就是采用这种方式进行生产菌种保存的。这种会产生酸性物质的菌种，在进行传代培养时要在培养基中添加少量的碳酸钙。传代培养的过程中，培养的养分不要太丰富，培养温度也要比孢子最适合的生长温度略低。传代培养保存微生物的方法简单易行，只要培养皿就能实现，不需要特殊的设备，是目前实验室各类微生物保藏最常用的方法。但是此法也存在着一些缺点，如培养基容易干枯；菌种管处经常被其他杂菌污染发生霉变；菌种在反复传代的过程中发生基因突变，不能保证优良性状传递下来；在传代的过程中产生的孢子活性越来越弱。

2液体石蜡覆盖保藏

为了传代保存时，减少杂菌的侵染，使用液体石蜡进行覆盖加以辅助，就是在斜面培养基上，当在最适合的培养条件下培养出健壮的菌体后，加入已灭菌的液体石蜡油，并将此斜面培养基保藏在低温条件下。由于培养物表面覆盖液体石蜡后可隔绝空气，因此降低了微生物菌体的物质代谢，延缓细胞的衰老，同时也防止培养基水分蒸发，是一种简易的菌种保藏方法。很多产生孢子能力低的丝状菌都是采用这种方法进行保存。这种方法制作方法简单，不需要经常移种传代。对大多数种类的菌种保藏效果都比较理想。霉菌、放线菌、芽孢细菌可保藏2年以上，没有芽孢的细菌都可以采用这种方法保藏1年左右，一些很难保藏的菌种如脑膜炎球菌，可以的采用这种方法保存至少3个月以上。但是采用石蜡覆盖保藏法的菌种携带不方便，保存时需要大量空间，以保证培养基能直立放置。在取培养物进行移种时，一般要通过火焰灼烧将石蜡融化，这个过程可能造成培养物与石蜡油飞溅，有安全隐患。

3冷冻干燥保藏

冷冻干燥保藏法为菌种保藏方法中最有效的方法之一，对一般生活力强的微生物及其孢子以及无芽胞菌都适用。这种方法适用于菌种长期保存，一般可保存数年至十余年。因为冷冻干燥法使菌种处于一个无氧的真空环境中，微生物不能进行正常的新陈代谢，只能处于休眠状态。当环境变为适合生长的适合，才会继续增殖生长。所以保藏期就比较长。目前像春雷霉素、头孢霉素、卡那霉素等抗生素菌种不易产生孢子的丝状真菌，都是采用冷冻干燥法保存的。另外我国大多数生物制品菌种都是采用该法保藏。

4液氮超低温保藏

液氮超低温保藏法是菌种长期保藏的最有效最可靠的方法。液超低温保藏法是把菌种装在含有冷冻保护剂的安瓶瓶内，将该安瓶瓶放人液氮（-196℃）中保藏。由于菌丝体处于-196℃，其代谢降低到完全停止的状态。甘油、血清蛋白、二甲基亚砜、聚乙烯氮戊环、糊精、吐温80等可用做液氮低温保藏法的保护剂，其中甘油在进入和游出细胞时速度非常缓慢，造成强烈的脱水，从而保护细胞，是目前最常用的保护剂。不同微生物要选择不同的保护剂，再通过实验加以确定保护剂的浓度，原则上是控制在不足以造成微生物致死的浓度，一般甘油为10％-20％、二甲基亚砜为5％-10％、聚乙烯氮戊环为0.4mmol/L。

5蒸馏水保藏

蒸馏水保藏菌种的方法普遍的应用于医学微生物、食品微生物和工业微生物中，如皮肤癣菌、酵母、霉菌、放线菌的保藏，在食用菌金针菇的保藏中也有提到。其方法是：将菌体悬浮于蒸馏水中，即可在室温下保存数年，此法应注意避免水分的蒸发。