• 斜面保存法：微生物保存最基本的方法，可广泛用于细菌、真菌等，保存期限非常短，斜面容易干裂。

• 液体石蜡保存法：可用于保存霉菌、酵母菌、放线菌及需氧菌，方法简便，可防止斜面干燥和氧气进入，但一些固氮菌、分枝杆菌、毛霉、厌氧菌等不适宜用此法。

• 甘油冷冻保存法：用于一般细菌的保存，需使甘油终浓度为20%左右，然后-20℃或-70℃以下保存。融化时需要水浴溶化。

• 真空冷冻保存法：具有低温、干燥、无氧的保存条件，适用于98%以上菌种的保存，但操作复杂，一般实验室难以使用。

• 液氮保存法：基本所有微生物均可保存，并且保存时间长，但操作较为复杂而且需要设备，不适用于一般实验室保存菌种。

• 沙土保存法

• 半固体保存法

• 用途：菌种保存、复苏和运输。

• 优点：操作简单方便、菌种保存快速、包装物体积小、菌种保存时间长。

• 操作简单方便：挑取细菌新鲜纯培养物，接入菌种保存管。

• 菌种保存快速：混匀后，吸出冷冻保存液。

• 包装物体积小：1.8ml冷冻管。

• 菌种保存时间长：2-8℃可保存6个月；-20℃可保存12个月；-80℃可保存24个月。

• 被保存的菌种要求是经过纯化后培养 18-24h 内的新鲜菌种（细菌18-24h，酵母菌需3 天，形成孢子的微生物保存孢子，而放线菌和丝状真菌需培养7 天后保存），不宜使用老化或未经鉴定的菌种。

• 菌种保存浓度必须要做3-4 麦氏比浊度，如接种浓度过低将会降低复苏效果。

• 待保存于菌种保存管中的菌种完全乳化均匀吸附在多孔小瓷珠后，要将多余的菌种保存液吸取出来并弃之，否则在复苏时的冻融过程中会损伤菌株活性。

• 做厌氧菌保存时，应提供厌氧的环境，如厌氧箱、厌氧袋，菌种保存管中可通入氮气来驱除保存菌种时所引入的氧气。菌种复苏时，也要创造厌氧的环境。

• 菌种复苏完成后，对使用菌株需要进行再次纯化，以保证菌株的单一性。