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水生生物有机残体自溶作用而释放出磷酸盐，同时，因悬浮于温跃层和深水层暗处受微生物作用而迅速再生的无机磷酸盐。构成了水体中有效磷的重要来源。
在大多数地表水质系，其沉积物为上覆水有效磷的一个巨大的潜在源。
天然水中浮游植物在分泌出有机磷脂等有机态磷并使之重新参与磷循环方面起着重要作用 。浮游动物排泄磷酸盐常常是有效磷的重要途径，Butler等报道，哲水蚤吞食的食物中的磷，用于生长的大约占17%，以粪便形态排出的占23%，其余60%以溶解形态的磷排出。
在一切天然地表水的真光层中，大量的有效磷在水生植物生长繁殖过程中被吸收利用，构成天然水中磷循环的重要环节之一。藻类在吸收有效氮和有效磷时一般按P/N=1:16（或15）的比例进行。
天然水中含磷物质的外部来源主要为降水，冲刷土壤地表径流以及生活污水。降水中磷含量通常在30-100微克每升地表径流从土壤中冲刷走的磷的量为0.02-0.24kg/（ha.a），其中以黏土微粒态磷为主，在还原性条件下可能转变为溶解态磷；过去含磷洗涤剂，去污粉的大量使用也可给水体带来大量的磷。
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