一、苯醌类

苯醌类化合物分为邻苯醌和对苯醌两大类。天然存在的苯醌化合物多为对苯醌的衍生物，因为邻苯醌结构由于两个羧基之间的排斥作用而十分不稳定。

具有苯醌类结构的泛醌类能参与生物体内氧化还原过程，是生物氧化反应的一类辅酶，成为辅酶Q类，其中辅酶Q10（n=10）已用于治疗心脏病，高血压及肿瘤。

二、萘醌类

萘醌化合物有α-（1，4）、β-（1，2）及amphi-（2，6）三种结构类型，但实际分离得到的大多为α-萘醌类衍生物，他们多为橙色或橙红色结晶，少数呈紫色。

三、菲醌类

菲醌衍生物分为邻菲醌和对菲醌两种类型，主要分布在唇形科、兰科、豆科、使君子科、廖科等高等植物中。

四、蒽醌类

蒽醌类成分包括蒽醌衍生物及其不同还原程产物，如蒽酚、氧化蒽酚、蒽酮及二蒽酮等。

绝大多数蒽醌类化合物主要存在于高等植物中，茜草科、芸香科、鼠李科、豆科山扁豆属、廖科大黄属、玄参科毛地黄属及百合科植物中蒽醌类化合物较多。

蒽醌按母核分为单蒽核及双蒽核两大类。

1、单核蒽醌类

蒽醌母核上羟基、羟甲基、甲氧基以及羧基等取代，以游离或成苷的形式存在于植物体内。根据羟基在蒽醌母核上的分布情况，可将羟基蒽醌衍生物分为两类。

（1）大黄素型：羟基分布在两侧的苯环上，多数化合物呈黄色至棕色。例如大黄、虎杖等有致泻作用的活性成分多属这类型。

（2）茜草素型：羟基分布在一侧的苯环上，化合物颜色较深，多为橙黄色至橙红色。

例如中药茜草中的茜草素等化合物属此类型。

2、双蒽核类

（1）二蒽酮类：二蒽酮类是2分子蒽酮脱去1分子氢通过碳碳键结合而成的化合物，其结合方式多为 10 位碳与 10′位碳（称中位链接），一般其上下两环的结构相同且对称。如大黄、番泻叶中致泻的主要成分番泻苷 A、B、C、D 等皆为二蒽酮类衍生物。

如大黄及番泻叶中含有的番泻苷 A 的致泻作用是因其在肠内变为大黄酸蒽酮所致。

（2）二蒽醌类：蒽醌类脱氢缩合或二蒽酮类氧化均可形成二蒽醌类。天然二蒽醌类化合物中的两个蒽醌环都是相同而对称的，由于空间位阻的相互排斥，故两个蒽环呈反向排列，如天精和山扁豆双醌。

（3）去氢二蒽酮类：中位二蒽酮进一步氧化，两环之间以双键相连。此类化合物多呈暗紫红色。

（4）日照蒽酮类：去氢二蒽酮进一步氧化，α与α′位相连组成一新六元环。

（5）中位萘骈二蒽酮类：这类化合物是天然蒽衍生物中具有最高氧化水平的结构形式，也是天然产物中高度稠合的多元环系统之一，如具有抑制中枢神经及抗病毒的作用的金丝桃素等。