大曲中的细菌种类繁多，常见的细菌有醋酸菌、乳酸菌、芽孢杆菌等，它们在发酵过程中可以迅速代谢产生各种呈香呈味物质或者是其前体物质。如适量醋酸菌参与代谢形成酯类物质，但醋酸菌过量时，抑制酵母生长，并产生刺激性酸味对白酒品质产生负面影响。乳酸菌可代谢产生乳酸、乳酸乙酯等物质，乳酸含量的多少能够直接影响白酒质量。ZHENGXW等利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术从汾酒大曲中分离并鉴定出109株细菌，主要是法国乳杆菌、产气肠杆菌和大型芽孢杆菌等。ZHANGHX等研究发现，清茬曲和后火曲中细菌所占比例均高于红心曲，并推测是由于红心曲中存在红曲霉导致；同时发现部分细菌会影响白酒酸度和出酒率。雷振河通过高通量测序技术分析清香型白酒酿造微生物，研究发现大曲微生物构成中原核微生物的复杂程度高于真核微生物，其中厚壁菌门、变形菌门、放线菌门和酸酐菌门是清香型大曲优势原核微生物。周森等研究发现，清香型大曲微生物主要包括乳杆菌目、芽孢杆菌目、红螺菌目、肠杆菌目、假诺卡氏菌目、链霉菌目。

2、酒醅微生物

酒醅中微生物的群落演替与清香型白酒的风味有直接关系，通过微生物之间的共同发酵，彼此之间的共生、消长和代谢互补等作用影响着清香型白酒独特风味物质的形成。酒醅微生物主要是以原料、大曲和酿造所处环境微生物为主，经过长期自然驯化使酒醅形成特定的微生物菌落群体，主要由霉菌、酵母菌和细菌构成，其中酵母菌类中主要有酵母菌属、拟内孢霉、汉逊酵母和假丝酵母；霉菌类中主有梨头霉、黄米曲霉、根霉、毛霉和红曲霉；细菌类中主要有乳酸菌、醋酸菌、芽殖杆菌（革蓝氏阳性）和革蓝氏阴性芽孢细菌。

雷振河采用高通量测序技术分析了清香型白酒酒醅微生物，结果表明醋酸杆菌科和乳杆菌科是优势原核微生物，占原核微生物70%以上；假丝酵母和毕赤酵母科是酒醅中真核微生物绝对优势菌。童敏江等对分离自不同时间段酒醅的菌株进行了发酵试验，根据主要代谢产物的种类与产量确定了四类功能菌株：乙醇功能菌株包括酵母属、卵胞酵母属、克鲁氏酵母、固囊酵母属、汉逊氏酵母属或拟内酵母属；产乙酸乙酯的功能菌主要属于卵胞酵母属、毕赤酵母属和固囊酵母属的菌株；乳酸和乙酸高产菌株多属于芽孢杆菌属，少数属于乳酸杆菌属、棒状杆菌属和芽孢乳杆菌属。贾丽艳等利用ⅢuminaMiSeq高通量测序技术，对传统清香型白酒大和二发酵过程中的细菌群落结构、丰度及演替规律进行研究，结果表明，大和二细菌群落组成丰富，主要优势菌群包括葡萄球菌属、片球菌属、乳杆菌属；它们动态变化，此消彼长，影响大和二酒的质量与风味物质的产生。

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