中国酿酒史传承久远，对于酿造过程中微生物的认识与研究一直是研究热点。平板纯培养法是将微生物进行分离纯化培养，观察显微镜下形态，并根据生理生化特征进行鉴定，其适用于可培养的微生物，而发酵环境中绝大部分是未培养微生物，因此无法真正了解微生态的整体，无法分析微生物菌群间的相互作用。随着生物技术的发展，磷脂脂肪酸分析方法（phospholipidfattyacid，PLFA）、基于聚合酶链式反应（polymerasechainreaction，PCR）的指纹图谱分析、基因测序及系统发育分析、克隆文库、荧光原位杂交技术（fluorescenceinsituhybridization，FISH）、宏基因组学、蛋白组学、代谢组学等研究方法的出现，大力推动了白酒微生态学的发展。

PLFA广泛用于研究微生物复杂的群落关系及其动态变化规律。不同微生物种属的PFLA结构及种类有一定的异同，所以可作为微生物标记物不仅能应用于研究微生物的群落结构，也可用于微生物菌株的辅助鉴定。基于PCR的指纹图谱分析技术是目前白酒酿造微生物中常用的技术，是通过比较脱氧核糖核酸（deoxyribonucleicacid，DNA）指纹图谱中的条带剖析样品中微生物的群落组成以及多样性，包括变性梯度凝胶电泳（denaturinggradientgelelectrophoresis，DGGE）、单链构象多态性（singlestrandconformationpolymorphism，SSCP）、限制性片段长度多态性（restrictionfragmentlengthpolymorphism，RFLP）等，其中最常用的是PCR-DGGE技术。高通量测序（high-throughputsequencing，HTS）又称为“下一代”测序技术（next-generationsequencingtechnology，NGS），该技术一次最多能并行测定几百万条DNA分子序列，并且读长较短，能够深入、细致、全貌的分析一个物种的转录组和基因组，常用的测序平台有Solexa、SOLiD和454等。基因文库是对目标样品中微生物建立基因文库，通过测定文库中的基因序列，进而得到样品中所含微生物的基因种类和相对数量，其中最常用的是细菌16SrDNA基因克隆文库、真菌18SrDNA基因克隆文库以及真菌内转录间隔区（internaltranscribedspacer，ITS）基因克隆文库。

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