对于红甜菜自身来说，未经杀菌的红甜菜，降解酶的存在可引起红甜菜色素质量分数及颜色变化，如β-葡萄糖苷酶、多酚氧化酶、过氧化物酶等。

β-葡萄糖苷酶可使甜菜红素的糖苷发生脱糖基化，生成紫红色的甜菜苷配基和异甜菜苷配基，使红甜菜色素由红色向紫红色转变。过氧化物酶也可使红甜菜色素分解，与甜菜黄素相比，甜菜红素更易被过氧化物酶分解。降解酶可促使甜菜苷的异构化和脱氢、脱糖基，使红甜菜色素降解，产生相应的降解产物并积累。利于甜菜红素再生。红甜菜片经自然发酵后，甜菜色素质量分数下降了61％～88％，这与红甜菜自身所含β-葡萄糖苷酶、多酚氧化酶、过氧化物酶使红甜菜色素分解有关。除β-葡萄糖苷酶外，红甜菜携带的乳酸菌类植物源细菌可以利用多种碳水化合物作为碳源，包括β-葡萄糖苷。Manfnez-Parra等研究发现，红甜菜中甜菜苷和甜菜苷配基氧化后的产物中除甜菜醛氨酸和环多巴5-0-β-葡萄糖苷外，还含有过氧化物酶，该酶使甜菜苷配基氧化并生成甜菜苷配基自由基，甜菜苷配基自由基经歧化作用生成甜菜苷配基和甜菜苷配基醌。在过氧化物酶对甜菜苷配基氧化过程中，甜菜苷配基降解速率与底物浓度的关系遵循米氏方程。

在pH值、光照、温度、氧气和降解酶等因素影响下，红甜菜色素易发生降解反应。甜菜苷在降解过程中受影响因素的不同可能发生如醛亚胺键断裂、脱氢、脱糖基化、脱羧和异构化等反应，产生不同结构的色素。根据影响稳定性因素作用程度的不同.红甜菜色素会发生由红色变为紫红色至黄橙色或最终为无色的褪色现象，但在特定条件下可观察到颜色逐渐向红色转变或甜菜红素质量分数上升，即发生了甜菜红素再生。

红甜菜色素在pH5.0时最稳定，在pH5.0～6.0时较稳定，在pH＜3.0时发生由红色向紫红色转变，在pH＞7.0时颜色向黄色转变；红甜菜及红甜菜色素应进行避光处理，避免光照引起色素的氧化降解；红甜菜及其色素纯品在4℃存放最佳，含有红甜菜色素的产品的贮存温度最佳为25℃。红甜菜色素对热敏感，甜菜黄素的热敏感性要高于甜菜红素，色素降解程度随处理温度的升高而增加，不宜长时间高温处理，避免高温导致的色素损失：甜菜色素受热处理其热降解遵循一级反应动力学，颜色参数(L*、a*、b*和C*)的变化符合零级反应动力学；氧气的存在可加速红甜菜色素氧化，在有氧气的条件下甜菜苷的降解动力学遵循一级动力学模型，含有甜菜红素产品进行包装时应在包装内充入氮气，减少氧气与红甜菜色素接触，避免氧气引起色素的褪色；在贮藏和加工过程中还应重视降解酶和微生物引起的色素质量分数和颜色变化，应在适宜的pH值和温度条件下进行灭酶和灭菌处理，减少因降解酶所引起的色素降解。

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