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短链脂肪酸是肠道内有益菌降解不能被消化的碳水化合物得到的产物，是由碳原子数小于6的有机脂肪酸组成的，主要产物包括醋酸盐、丙酸盐、丁酸盐等。短链脂肪酸被认为是肠道中的关键微生物代谢物，对机体有积极的影响。短链脂肪酸能促进肠道吸收，维持肠道的正常功能；通过促进有益菌的生长来参与免疫系统的调节；预防肥胖及并发症；调节脂肪组织、骨骼肌和肝组织功能等。谢洁玲等研究了人肠道微生物对不同分子量褐藻聚糖硫酸酯的降解情况，发现人肠道微生物能利用降解后的寡糖产生短链脂肪酸，促进肠道健康。CHEN等在仔虾日粮中添加低聚果糖发现低聚果糖可显著增加仔虾肠道内的短链脂肪酸含量。
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