酿酒酵母、拓展青霉和灰葡萄孢霉是果蔬中常见的真菌，降低其水平有利于果蔬贮藏和品质的保持。Ferrario等运用11.9J/cm²和71.6J/cm²PL处理苹果汁，酿酒酵母分别减少0.7和3.9lg（CFU/mL）；灭活曲线和投射电镜表明，PL通量小于11.9J/cm²时，PL敏感性较强的细胞因受损而失活，而当PL通量大于11.9J/cm²，PL抵抗性更强的微生物逐渐积累损伤。PL处理使得部分微生物细胞成为可存活但不可培养细胞（viablebutnotcultivablecells，VBNC），这可能缩短果汁保质期。天然橙汁和草莓汁在200～400nm紫外光区表现出高吸光度，这会降低PL中作用于微生物的紫外光剂量，导致酿酒酵母减少量小于1.0lg（CFU/mL）。此外，微生物负荷也是影响PL对果汁杀菌效率的一个重要因素，因为高密度菌群中的微生物分层，最上层被杀灭，下层微生物因为阴影效应而得以存活。Maftei等运用16J/cm²PL处理接种量为3×10⁵CFU/mL和2.3×10⁴CFU/mL的苹果汁，酿酒酵母分别减少1.3和3.21lg（CFU/mL），而在32J/cm²PL处理下，酿酒酵母分别减少2.66和3.76lg（CFU/mL），这表明PL对低密度微生物污染的杀菌效果更明显。灰葡萄孢是葡萄、蔬菜中一种能够引起植物灰霉病、导致果蔬腐烂的坏死性真菌。Bernal等研究表明，11.9和23.9J/cm²PL处理草莓后，对照组和PL处理组的感染果实百分比[IF（%）]显著增加，贮藏10d后，PL处理组IF比对照组低16%～20%，贮藏12d后，对照组和PL处理组结果接近，但是PL处理使得草莓腐烂延迟2d，这为短期贮藏草莓提供了一种可行方法；11.9和23.9J/cm²PL处理下，蛋白胨水中灰葡萄孢子总数分别降低2和3.5lg（N/N0），当PL通量大于11.9J/cm²时，大多数真菌细胞因亚损伤而进入“VBNC”状态，需要进一步研究“VBNC”状态以更好阐明PL处理对真菌孢子的影响。

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