几丁质酶是专一降解几丁质生成几丁寡糖或单糖的一类酶的总称。它能将几丁质水解生成几丁寡糖、几丁二糖和N-乙酰-D-氨基葡萄糖。根据切割位点的不同，可将几丁质酶分为内切几丁质酶、外切几丁质酶和N-乙酰氨基葡萄糖苷酶。内切几丁质酶沿聚合物内部随机位点切割生成几丁寡糖，外切几丁质酶作用于糖链的非还原端将其切割成几丁二糖，N-乙酰氨基葡萄糖苷酶将内切几丁质酶产生的寡糖分解为单体N-乙酰葡萄糖胺，最终将其代谢生成所需能量。在几丁质酶发挥作用的过程中通常需要外切和内切型的几丁质酶协同作用，首先不溶性长链几丁质被切割为小短链，随后通过N-乙酰氨基葡萄糖苷酶将乙酰壳多糖分解为N-乙酰葡萄糖胺。

根据催化结构域的多少，几丁质酶可以分为单催化结构域的几丁质酶和多催化结构域几丁质酶。根据酶结构域氨基酸序列不同，几丁质酶分属于18和19家族。第18家族几丁质酶主要包括细菌、真菌、病毒、哺乳动物以及部分植物来源的几丁质酶，其中有记录的产几丁质酶的微生物细菌占有70%以上；第19家族主要存在于放线菌、霉菌以及大部分植物中。大多数几丁质酶是模块化的，除信号肽和催化结构域外还包含辅助结构域的蛋白，比如碳水化合物结合模块（CBMs）、几丁质结合结构域（ChBDs）和纤连蛋白型结构域（Fn-III）等。信号肽通常位于几丁质酶的N端，在几丁质酶向细胞外基质的转运和外部几丁质的利用中起着重要作用；ChBDs能够促进酶与底物的结合，但不具有催化活性，因而ChBDs的缺失不影响酶降解几丁质的活性；Fn-III是一种糖蛋白，除了充当其他结构域之间的连接外，还可能引起酶与细胞外基质的粘附。而在某些多催化域几丁质酶之中，两个催化域之间的氨基酸序列同源性通常较低，并且两个催化结构域彼此具有的特征。

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