阿魏酸甘油酯合成过程中，有时会生成与阿魏酸、阿魏酸双甘油酯的混合物，可以利用各组分极性的不同来进行鉴别，鉴别方法有薄层色谱法、液体CO₂萃取法、高效液相色谱法、柱层析法和分子蒸馏法等。例如Sun等在反应结束后，先过滤，然后用常压C18色谱柱[20μm，(400±30)mm]分离剩余的混合物，用90％、80％、70％、60％甲醇水溶液以2mL/min的速度连续洗脱，在320nm处检测洗脱液，合并含有所需产物的馏分，减压浓缩至干，即可得到纯化的阿魏酸单甘油酯产物。陈小威在反应结束后，将混合物进行过滤，所得滤液通过水洗得到FG，再用乙醇洗涤得到DFG。

快速色谱(FlashChromatography)，也称为低压或中压液相色谱(25-200psi，172-1380kPa)，是一种用于物质纯化的定性分离技术；与用于化合物定量分离和鉴定的分析技术，如高效液相色谱或超高效液相色谱(＞1000psi，＞6895kPa)相对。该方法是对制备型高效液相色谱和柱色谱方法的必要改进，能够有效地处理含量约100g的物质；而之前的方法仅可纯化毫克至低克量的阿魏酸甘油酯或用于单独分离少量的混合物。

David等研究了一种中试规模(1000kr/年)的连续进料、填充床、酶生物反应器，该反应器采用固定化脂肪酶Novozym435在60℃下将阿魏酸乙酯和植物油三酰甘油(如大豆、椰子)进行酯交换反应，在室温下放置7d后，所得阿魏酸化植物油反应产物产生粗黄色沉淀(96.4g，4.02％)，并利用快速色谱方法对沉淀物进行初步鉴定，结果显示，是含阿魏酸甘油酯的混合物，其中在甘油骨架上至少有一个阿魏酸部分和一个脂肪酸部分。

具体操作流程为使用CombiFlashRf200i快速色谱系统纯化粗黄色沉淀物，该系统在325nm处进行紫外检测，并通过改变RediSep柱尺寸、溶剂流速、溶剂梯度和粗产品样品负载来优化阿魏酸单甘油酯和二阿魏酸甘油酯的纯化。分离过程为将粗黄色沉淀物(3.0g)溶解在丙酮(10mL)中，并用注射器将溶液装载到12gRediSep柱上，将其真空抽吸至干1h用作垂直于120gRediSep分离柱上方的装载柱，接着以57mL/min的速度在“液体加载”模式下进行分离，首先用己烷平衡堆积柱的三柱体积(CV)，然后用0-80％丙酮/己烷二元梯度在7CV上开发堆积柱，接着用80％丙酮/己烷二元梯度洗脱1CV，最后用100％己烷洗脱2CV；合并含有目标峰的溶剂收集管，通过旋蒸除去溶剂。将所得白色固体(二阿魏酸甘油酯)或黄色油状液体(阿魏酸单甘油酯)在真空(1I.6Pa)下于30℃干燥18h。合并所有分离，得到：二阿魏酸甘油酯39.1g(相对于粗黄色沉淀为40.6％)和阿魏酸单甘油酯9.4g(相对于粗黄色沉淀为9.8％)。

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